調剤薬局では患者さんに安全に薬を服用してもらうために、次のような手順で保険調剤をおこないます。
処方箋受付
患者さんから処方箋と保険証、お薬手帳を預かり、内容を確認します。アレルギーや副作用歴の有無、既往歴や併用薬などについて把握するために、アンケート（質問票）への回答を依頼します。
処方監査・疑義照会
調剤前に処方箋の内容を監査します。処方内容になんらかの不備があるなど、その内容について確認したいことがある場合は、処方元の医師に問い合わせること（疑義照会）もあります。
薬の調剤・処方入力
処方箋の内容に従い薬を準備します。同じ服用時点に複数の薬が処方されている場合、飲み忘れを防ぐために一回に服用する薬を一つの袋にまとめることもあります（一包化）。
調剤薬鑑査
調剤での不備などを確認し、調剤過誤を防ぐため、調剤を担当した薬剤師とは別の薬剤師が最終チェックをおこないます。
服薬指導
患者さんの病態を確認しながら、薬の効能や副作用、服用方法、保管方法などについて説明します。服薬指導は薬を適切かつ安全に使用するために重要な業務です。
薬歴管理
薬の調剤内容や指導内容を薬歴簿に記録します。疑義照会をおこなった場合はその問い合わせ内容と結果についても明記します。薬歴は一定期間保管することが義務付けられています。